為保證反滲透純水設備系統的性能和使用壽命，需要定期重復的對純水設備進行清洗。為了是使清洗工作取得最好的效果，反滲透RO膜元件必須在產生大量污垢前進行清洗。如果清洗工作延誤太晚，那么將非常困難或者不可能從膜表面徹底清除污垢并重新恢復膜性能至初始的狀態。

同時，在清洗之前要確定膜表面污垢的類型。進行污垢類型確定的最好方法是對SDI測試膜片上所收集的殘留物進行化學分析，以確定污染物的主要類型，以便進行針對性的化學清洗。在不能采用化學分析的情況下，可以根據SDI的測定情況，測試膜片上殘留物的顏色、密度，然后對污垢進行分類。比如，呈褐色的殘留物引導我們判斷是否為鐵污垢；白色殘留物則可能是硅、砂質粘土、鈣垢等；晶狀體外形是無機膠體、鈣垢的一個特質；生物污垢或者有機污垢，除了從氣味上分析判斷外，通常還可以看出這類型污染物呈粘稠狀。

確定了膜表面的污染物，那么就必須選擇正確的清洗程序。如果認為污垢為金屬氫氧化物，比如：含鐵的氫氧化物或者鈣垢，那么可以采用那檸檬酸清洗；如果確定主要污垢為有機物或者微生物，那么建議使用堿性清洗方法。

上面只是簡單介紹幾種清洗程序。遵守所建議的清洗方法，通常都會得到較好的效果，如整個超純水設備膜系統的壓差應該減小到初始值，產水流量和脫鹽率可以得到恢復。如果清洗之后反滲透系統的性能沒有得到足夠的改善，那么建議采用另外的推薦方法，這樣可能會得到比較理想的結果。污垢溶液附在膜表面或者保留在進水流道中。在許多案例中，清除膜污染需要采用幾種連續的清洗方法。適宜地交替使用清洗劑的清洗方法比單獨使用任何一種藥劑進行清洗更加有效。

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